Sau năm 1858, Kido đóng căn cứ ở dinh thự của phiên tại Edo, nơi ông làm nhiệm vụ liên lạc giữa chính quyền phiên và các nhân tố cấp tiến trong giới samurai trẻ, cấp bậc thấp ở Chōshū ủng hộ phong trào Sonnō jōi. Bị Mạc phụ nghi ngờ về mối quan hệ của ông với những người trung quân ở Mito, sau nỗ lực ám sát Andō Nobumasa, ông được chuyển đến Kyōto. Tuy nhiên, trong khi ở Kyoto, ông không thể ngăn cản được cuộc đảo chính ngày 30 tháng 9 năm 1863 của binh lính hai phiên Aizu và Satsuma, đánh đuổi quân Choshu ra khỏi thành phố. Ông cũng tham dự và nỗ lực bất thành của Choshu nhằm giành lại thành phố ngày 20 tháng 8 năm 1864, và buộc phải lẫn trốn với geisha tên là Ikumatsu, người sau này trở thành vợ ông.

Sau khi các phần tử cấp tiến dưới quyền Takasugi Shinsaku nắm quyền kiểm soát nền chính trị Choshu, Kido đóng vai trò quan trọng trong việc thành lập Liên minh Satchō, đóng vai trò quyết định trong Chiến tranh Boshin và cuộc Minh Trị Duy Tân sau này.